不少人会使用漱口水加强口腔清洁，但错误的使用方式却不少，包含用完漱口水后又用清水漱口、漱口水的使用频率过高，可能会过度刺激口腔粘膜，导致粘膜脱落或红肿等，还有些民众只用漱口水而不用牙刷与牙线清洁。牙医师提醒，使用漱口水也必须配合正确的刷牙习惯，才能达到预期效果，为避免误吞，不建议6岁以下孩童使用。
牙医师陈俊龙在台湾食药署「食药好文网」指出，临床上错误使用漱口水的人其实非常多，最常见的错误行为包含：只用漱口水而不用牙刷与牙线清洁、用完漱口水后又用清水漱口，或是漱口水的使用频率过高，可能会过度刺激口腔粘膜，导致粘膜脱落或红肿等。
牙齿清洁不能只靠漱口水解决，陈俊龙提醒，可备齐牙线＋牙刷＋漱口水等三大工具，并建议以先使用牙线将齿缝的食物残渣去除后，使用牙刷将牙齿表面与牙缝清洁干净，最后使用漱口水，清除缝隙中可能残留的细菌。
使用漱口水也有要注意的细节，陈俊龙建议，使用漱口水时，至少在口中维持30秒至1分钟，最久到3分钟也没问题，「切记漱口水用完之后，不需要再以清水漱口，以免将有效成分冲掉」，此外，刷牙后等待一段时间，让牙膏发挥功能后，再使用漱口水效果会更好。
陈俊龙指出，漱口水也有不同类别，一般漱口水主要功能为清洁牙齿、帮助清除牙菌斑、预防口腔异味与保持口腔洁净等；药用漱口水则作为口腔内杀菌消毒使用，更重要的是，使用漱口水也必须配合正确的刷牙习惯，才能达到预期效果。
食药署提醒，药用漱口水大多为成药，或由医师、药师、药剂生指示药品，有效杀菌成分chlorhexidine gluconate或cetylpyridinium chloride符合规定浓度范围；成药漱口水可于药局、药商、百货店、杂货店及餐旅服务商等5大业者购买；指示药品的漱口水则须于药局购买。一般漱口水则在市售商店即可购买，如含氟漱口水（总含氟量1500ppm以下）。
如担心刺激口腔，可选择成分不含酒精者，购买药用漱口水，须注意产品标示上是否有合格的许可证字号，购买漱口水前可先与牙医师讨论，依自己的口腔状况，如牙周病、蛀牙或抗敏感等情形，选择适合的品项，为避免小朋友误吞，漱口水不建议6岁以下孩童使用，6至12岁孩童使用时，需要家长在旁边指导。