美国广播公司新闻网(ABC News)报导，国防部拒绝让九一一恐袭事件首脑及另两名被告达成认罪协议，让全案陷入紊乱；此外被害人家属希望见到司法审判出结果，正义伸张，但此间有重大障碍而几乎不可能，两者之间的紧张浮现无遗。
国防部律师及一些法学专家指称，军方检察官最初犯下错误，让主谋被告穆罕默德(Khalid Sheikh Mohammed)与其共犯被告，在中央情报局(CIA)关押期间遭受到非法刑求，才导致司法审理无止尽延期。虐囚多年，一直纠缠着本案，即便过了20年，美国设在古巴关达那摩湾(Guantanamo Bay)基地，被告律师总是能找出司法问题，全案一延再延。
若批准当初的认罪协议，可以让穆罕默德及两名共犯被告都得免死刑，显然可以清除一切障碍，让案件可以终结。
但认罪协议遭一些九一一恐袭事件的被害人家属强烈反对、共和党国会议员强烈批评，国防部长奥斯丁(Lloyd Austin)撤消协议，声称事先并不知情，而认罪协议是由他任命的官员达成的。
奥斯丁稍后表示，自己相信国民理当有机会目睹审判完成。国防部副发言人辛赫(Sabrina Singh)表示，案件会持续朝审判发展，也会走过审前程序。而中情局发言人应询表示，由该局负责的拘留、审讯2009年已经结束。
这些事件反映出：很多人希望见到被告被定罪、判死刑，但许多专家认为，因为虐囚、证据引发争议、政府还有其他异常举动，以至于盼望本案能快速结案，根本不切实际。
2001年的九一一恐袭事件罹难者近3000人，他们当中，有些人的家属对审理恐袭被告的结果期待值，不尽相同，但共有的沮丧感是，至今竟还在审理。
有些人表示，仍希望判被告死刑，话虽如此，他们也知道法律牵缠纠葛，自己的希望不可能实现。
2021年在关达那摩湾军法审判凯达组织信使梅吉达‧汗(Majid Khan)的军事法庭上，八名军官组成的陪审团听完他受到的刑求虐待后，七人向法官要求应该开恩；他们撰文表示，中情局的虐囚是美国道德的污渍，美军虐待梅吉达‧汗，政府应该感到羞愧。
辩方律师狄克森 (J. Wells Dixon)指出，十多年前就办过审前聆讯，讨论刑求取得的证据之可信度，还有一切重大法律挑战，现在要再推动，只怕比过去更难。