台湾寺庙早期多在非都市计划内的山坡地、农牧林业用地，国土法明年上路后，除部分地目可供宗教使用外，没有变更地目途径，相当于斩断寺庙合法化后路。三芝北海圣云宫庙方直批，国土法凭空出现又溯及既往，让早在当地几十年的宫庙无所适从，不仅没解决问题，还把问题丢给百姓，未来不合法寺庙被查封，根本是与民抢地。
新北现有939家登记寺庙，其中178家正式登记，761家正在补办登记寺庙（3000家黑数）。新北市长侯友宜曾指实施后，许多寺庙无法合法化恐面临罚款，却遭国土署反呛是地方长期未辅导合法化导致。侯友宜强调，新北地方一直很努力让寺庙合法化，盼中央地方合作共同解决问题。
寺庙合法化问题在于用地，依现行区域计划法，若非第一级环境敏感地区或其他依法不得变更用地，可申请变更用地为宗教使用，比如在山坡地保育区、农牧、林业用地的寺庙，皆能以此合法化。然而国土法上路后，原属于甲种、乙种、丙种建筑用地、游憩用地或特定目的事业用地，以及国土法农业发展区第4类、城乡发展区第2-1与3类外，其余位于非都市计划的寺庙，没有途径能申请变更。
新北民政局宗教科长林美芬指出，部分寺庙因土地所有权继承复杂、申请兴办事业计划经费不足等问题，迟迟无法完成合法化，未来国土法上路后，面临无法源办用地变更，相当于断了继续存在的后路。
三芝北海圣云宫主委江宗柏说，圣云宫现有一部分土地是跟国产署租用，20几年前就要跟他们买地，但国产署无法释出，市府曾建议他们向国土署申请同意变更地目，从农牧用地变更成宗教使用，「但光盖一个同意章就要求15%回馈金」，但土地还是国家的，加上申请兴办事业计划，8年前约800万(台币，下同，约25万美元)费用，宫庙不是营利事业如何同意？
江宗柏直批，宫庙早已存在40余年，如今国土法凭空出现又溯及既往，大家不是不愿解决，而是政策有问题，且政府又将问题丢给百姓解决「根本是官逼民反」。江无奈说，未来国土法上路后，罚锾是几百万起跳，缴不出罚锾就会被查封，岂不是与民争地？
石门富福顶山寺以大量的贝壳与珊瑚装饰闻名，原寺址位于三芝，2022年搬到石门，是新北知名贝壳庙。副主委陀春明说，原来在三芝的土地为保育区、保护区，无法变更地目，在民政局辅导下寻找淡水、金山、石门一带土地，并从2003年申请兴办事业计划，直至2023年才通过。
陀春明说，申请耗时10年，历经各种单位、专家学者会勘，包括水保计划、地质等，甚至还发公文给军事单位，看建物是否阻挡航空路径等，光是申请计划就投入2、3千万，更别说寺庙迁址花费破亿。陀直言，国土法一旦实施「很棘手」，很多寺庙将动弹不得，公权力介入后，这些不合法的庙宇恐被夷为平地。
