赖清德总统在国庆晚会抛出祖国论后，至今余波荡漾。绿营人士指出，独派私下也表达不满，只是对台独金孙还在隐忍。
赖总统抛出「中华民国113年」后，已故独派大老辜宽敏遗孀王美琇就说要请问赖总统，「这个国家的历史是从什么时候开始？」希望能跟赖总统见面。
台教会会长陈俐甫表示，赖清德的祖国论分成两部分：第一部分，中华人民共和国不会是中华民国的祖国，这是明确客观历史事实，独派不会反对；第二层面，则是国家状态问题，独派不认同赖总统再以带有一中色彩的中华民国，来表述国家定位，独派期盼更彰显台湾主体性，且台湾已是主权独立国家，这点坚持并不改变。
北社社长张叶森则表示，「基于事实」很重要，赖总统的论述正是基于事实下的表述，并无挑衅中国；赖清德已清楚表达两国「互不隶属」，至于名字叫中华民国、中华民国台湾，并不是最重要的事情。他希望中国能感受到赖清德并无挑衅的善意，两岸共存共荣，是两岸人民都希望看到的情景。
独派学者施正锋认为，赖总统看似比前总统蔡英文更倾向中华民国，也承认了1949年以前的中华民国，却陷入了冷战时期争夺中国正统的过去窠臼。
施正锋表示，赖清德看似承认中华民国113年的论述，完全是半吊子，非完整论述，这从最近一个事件即可验证：赖清德到宜兰出席活动，竟赞同宜兰市中山国小应该改名渭水国小，还要请教育部、文化部与县府研议；若赖清德真心认同祖国论所要传达的中华民国精神，就该尊敬孙中山，但赖显然没这么做，短短几天，就已出现言行不一状况。
前台南县长苏焕智认为，赖清德运用「中华人民共和国、中华民国」的差异，大玩文本游戏，却刻意忽略了「中国」这个国名通称的国际代表性，才是问题根本；逃避「中国代表性」的问题，只是激怒中国大陆，却把台湾捆绑在「中国民族主义」枷锁内。
蓝营则质疑赖清德骗选票，若要强调「中华民国是台湾最大公约数」，就必须是完整的中华民国，不能是「断头式的中华民国」。